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8月18日至8月20日，燕京啤酒2021足协杯预赛第三轮在梅州、大连和武汉三个中甲赛区进行，18支中甲球队捉对厮杀，最终 浙江队、南通支云、北京北体大、成都蓉城、淄博蹴鞠、昆山队、武汉三镇、陕西长安竞技、四川九牛这9支球队淘汰对手晋级足协杯正赛。
此前，燕京啤酒2021足协杯前两轮预赛已于7月31日至8月4日在黔南、盐城和泸西三个中乙赛区进行争夺，最终西安骏狼、丹东腾跃、陕西俑士超越、U20国家队、四川民足、青岛青春岛这6支中乙球队杀出重围，晋级足协杯正赛。
受新冠影响，燕京啤酒2021足协杯以赛会制形式进行，共有中超、中甲、中乙和业余共59支球队参赛，其中32支球队晋级正赛阶段的比赛，包括通过预赛晋级的9支中甲球队、6支中乙球队，以及直接晋级的16支中超球队和1支中冠优胜队梅州梅县球乡队。
本赛季的足协杯正赛将展开5轮争夺，首轮计划于10月16日-19日进行，16支中超球队分别对阵16支低级别球队，正赛第2轮至第5轮即分别为1/8决赛、1/4决赛、半决赛和决赛，其中1/4决赛和半决赛将采用两回合制淘汰赛，其它各轮均为单场淘汰。最终的决战计划于11月举行，两支闯入决赛的球队将一场决冠军。
